Tiene sus orígenes en la creación de la Dirección de Institutos Superiores del Ejército el 1° de enero de 1986, con el objetivo de coordinar las principales unidades educativas de la Fuerza: el Colegio Militar de la Nación, la Escuela Superior de Guerra y la Escuela Superior Técnica.
El 29 de octubre de 1990, mediante la Resolución N° 2024, se transformó en el Instituto de Enseñanza Superior del Ejército (IESE), y en 1995, se adaptó a las modificaciones de la Ley Federal de Educación. En 2013, cambió su nombre a Instituto Universitario del Ejército “Mayor Francisco Romero” (IUE), consolidando su rol en el sistema educativo nacional.
El 12 de noviembre de 2014, con la sanción de la Ley 27.015, se creó la Universidad de la Defensa Nacional (UNDEF), y la Facultad del Ejército pasó a ser una de las unidades académicas clave. El 21 de octubre de 2015, se formalizó su creación como parte de la UNDEF, enfocándose en la formación de personal de las Fuerzas Armadas.
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