La Universidad de la Defensa Nacional está conformada por un conjunto de facultades que organizan la oferta académica en función de campos disciplinares y formativos específicos. Cada facultad articula unidades académicas preexistentes —institutos de formación de las Fuerzas Armadas y espacios dedicados a la formación civil— integrando carreras dirigidas tanto a personal militar como a estudiantes civiles.

Esta estructura refleja el carácter particular de la UNDEF como universidad pública con identidad propia, orientada a la formación superior en defensa. Las facultades nuclean carreras de pregrado, grado y posgrado, y desarrollan actividades de investigación, extensión y vinculación con el sistema científico, tecnológico y productivo.

Las carreras vinculadas a la formación militar forman parte del plan profesional de oficiales y suboficiales de cada una de las Fuerzas Armadas, respetando sus especificidades operativas. En paralelo, las carreras orientadas a las profesiones civiles permiten fortalecer las capacidades del sector Defensa con una perspectiva multidisciplinaria, incorporando saberes diversos en campos estratégicos para el desarrollo nacional.