El gobierno de la Facultad se conforma, en primer lugar, por el Decanato, en tanto órgano unipersonal presidido por el o la Decano/a, cuyas funciones principales son la representación de la Facultad y la conducción de la misma de acuerdo a lo establecido por el Estatuto de la UNDEF.

El o la Decano/a es designado/a por el ministro/a de defensa de la nación en su carácter de presidente/a del Consejo de Dirección de la UNDEF. Dura tres (3) años en su función y solo puede repetir mandato por una vez.

En segundo lugar, se encuentra el Consejo Consultivo Académico, que igualmente es presidido por el o la Decano/a.

La función del Consejo Consultivo Académico es asesorar al Decano en asuntos relativos a la actividad académica de docencia, investigación y desarrollo, extensión, vinculación con el medio y transferencia; las cuestiones disciplinarias referidas a docentes y alumnos y, todos aquellos asuntos que sean sometidos por el Decano a su consideración.